Церковь возведена неподалеку от коломенского храма Вознесения, в селе Дьякове, в середине XVI в. Принадлежит также к столпообразным храмам и предвосхищает в некоторых своих чертах собор Василия Блаженного. Точная дата постройки церкви неизвестна. Церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи представляет собой композицию из пяти восьмигранных столпов (центрального и четырех приделов), соединенных между собой притворами. В основу плана храма положен четырехконечный греческий крест. По такой же схеме были возведены храм Покрова Пресвятой Богородицы на Красной площади в Москве (1555-1561 годы), Борисоглебский собор в Старице (1558-1561 годы) и Спасо-Преображенский собор в Соловецком монастыре (1558-1568 годы).